V kontrolovaných letech 2014 až 2018 vyplatil PGRLF příjemcům zhruba 6,2 miliardy korun. Kontrola se zaměřila i na to, jak Ministerstvo zemědělství (MZe) řídí činnost tohoto fondu, a odhalila řadu nedostatků. MZe si také nenastavilo cíle tak, aby mohlo hodnotit přínosy vyplácené podpory.

U MZe posuzoval NKÚ to, jak resort plní svou roli zakladatele fondu a jediného akcionáře, kterou vykonává jménem státu. MZe také poskytuje ze státního rozpočtu každý rok PGRLF dotaci. Ta je hlavním zdrojem podpor, které fond vyplácí zemědělcům. Většinu prostředků, které PGRLF v kontrolovaných letech vyplatil, představovaly nenávratné podpory. Šlo například o finanční podporu ke snížení úroků z úvěrů poskytnutých komerčními bankami, ke snížení jistiny úvěrů při nákupu půdy nebo ke kompenzaci části pojistného proti nepředvídatelným rizikům. Fond poskytuje také úvěry, které v kontrolovaném období tvořily necelou pětinu poskytnutých prostředků.