Tyto prostředky šly na opatření z tzv. národních akčních plánů, na monitoring kvality vody a na modernizaci technologií v úpravnách vody. Kvalita povrchových ani podzemních vod se však za tuto dobu nezlepšila. Výskyt pesticidních a dusíkatých látek se v některých místech dokonce zvyšoval. To se promítlo i do kvality zdrojů pitné vody. Roste počet povolovaných výjimek z hygienického limitu pro pitnou vodu, a to zejména kvůli pesticidním látkám. Stát pak vydává miliardy z peněz EU na modernizaci technologií v úpravnách pitné vody, což ale neřeší příčiny znečištění.

Hlavním znečišťovatelem povrchových a podzemních vod pesticidními a dusíkatými látkami je zemědělská činnost, kam plyne výrazná podpora z prostředků státu i EU. V letech 2013 až 2019 získaly zemědělské subjekty každoročně více než 30 miliard korun. Stát však dotačním systémem nemotivuje zemědělce k tomu, aby změnili svou praxi a snížili využívání pesticidů.

Ministerstvu zemědělství (MZe) se také nedaří prosadit, aby zemědělci uplatňovali tzv. zásady integrované ochrany rostlin. Ty by měly snížit rizika a omezit vliv používání pesticidů na lidské zdraví a životní prostředí. MZe kontroluje dodržování těchto zásad jen formálně a pouze u zlomku zemědělců. Ročně jde o zhruba 0,28 % z celkového počtu zemědělců. Zároveň nemůže MZe uplatňovat sankce za nedodržování uvedených zásad.

Stát navíc nemá přesné a aktuální informace o tom, jaká je v zemědělství skutečná spotřeba pesticidů a hnojiv. Povinná elektronická evidence spotřeby pesticidů neexistuje. Taková data by přitom mohli využít i ČHMÚ, provozovatelé vodovodů nebo hygienické stanice. Ministerstvo však sleduje jen množství látek uvedených na trh v ČR a roční údaje o spotřebě pesticidů zjišťuje jen u 10 % zemědělců. Navíc tyto údaje neověřuje. Elektronická data o použití hnojiv předávají zemědělci MZe jen na základě dobrovolnosti, MZe tak nemá informace o skutečné spotřebě hnojiv v ČR.