Kontroloři prověřili hospodaření s téměř půl miliardou korun a zkontrolovali, jakým způsobem tyto příspěvkové organizace nakupovaly služby, zadávaly veřejné zakázky nebo jak zacházely s majetkem státu. Nejzávažnější pochybení odhalili kontroloři u Národní galerie, které ve sbírce chybí desítky sbírkových předmětů.

Národní galerie při inventarizaci sbírky ukončené v roce 2012 nenalezla například 31 kreseb, mezi které patří díla Josefa Lady, Františka Kupky či Jana Zrzavého. Právě Zrzavého kresbu Zeyerova zahrada Národní galerie zapůjčila spolu s dalšími 16 kresbami na výstavu Praha 1990 do muzea v Amsterodamu v letech 1999 až 2000. Po ukončení výstavy galerie podle dokumentů převzala kresbu od přepravní společnosti, po dvou letech ale zjistila, že jí kresba chybí. Národní galerie podala trestní oznámení až v průběhu kontroly NKÚ, tedy minimálně 13 let od ztráty kresby.