Prostředky měly pomoci zlepšit zdraví české populace, zabezpečit aktuální potřeby zdravotnictví a zajistit mezinárodně srovnatelnou úroveň výzkumu. Kontrola ale ukázala, že ministerstvo nesledovalo ani nevyhodnocovalo přínos vyplacené podpory. Navíc programy na tuto podporu nastavilo tak, že větší důraz se kladl na počet projektů a výstupů než na jejich kvalitu. Podpora měla směřovat především na výzkum využitelný v praxi, většina výstupů byly ale články a publikace.

První kontrolovaný program skončil v roce 2015 a ministerstvo na něj vyplatilo přes 3 miliardy korun. Očekávalo 415 aplikovaných výsledků, vznikly dva. Naproti tomu u publikační činnosti, která byla jen vedlejším ukazatelem výsledků podpory, vzniklo místo plánovaných 180 výstupů 2 945 článků nebo publikací. Navíc MZd u tohoto už ukončeného programu nevyhodnotilo stanovené cíle ani nesledovalo přínosy podpořených projektů.