V době kontroly na konci června roku 2016 stát zaplatil za stavby zatím 3,5 miliardy korun, celková cena má dosáhnout 20 a půl miliardy korun. Kontrola ukázala, že se při modernizaci prvních čtyř úseků podařilo dosáhnout v porovnání s jinými úseky dálnic v České republice výrazně nižších nákladů na vybudování dálniční vozovky. Kontroloři odhalili ale i nedostatky při přípravě modernizace, které vedly minimálně k dvouletému zpoždění jejího dokončení. Variantu modernizace ŘSD také vybralo, aniž by ji předtím porovnalo s jinými možnostmi.

V roce 2013 začala modernizace prvních čtyř z 21 plánovaných úseků D1. Náklady na tyto stavby byly podstatně nižší než u později modernizovaných úseků. Vysoutěžené ceny se u těchto staveb také výrazně lišily od nabídkových cen stanovených v projektové dokumentaci, byly o 35 procent nižší. Proč u těchto staveb byly takové rozdíly mezi nabídkovou cenou a nabídkami uchazečů, to ŘSD nezjišťovalo.