Spolupráci s mezinárodními organizacemi za ČR koordinuje MZV a jednotlivé resorty pak mají na starosti konkrétní spolupráci s organizacemi, které spadají do jejich agendy. Každý resort by měl MZV informovat o navázání spolupráce s mezinárodními organizacemi. Kontrola ale ukázala, že MZV se o tom vůbec nemusí dozvědět.

Nové smlouvy s mezinárodními organizacemi nebo nové finanční závazky vůči těmto organizacím by měla nejdříve schválit vláda a mělo by o nich vědět i MZV. Kontroloři ale zjistili, že u poloviny z 28 případů uzavřely resorty spolupráci, aniž by o nich vláda a MZV věděly.

MZV má mít také celkový přehled, s jakými mezinárodními organizacemi ČR spolupracuje a jaké jsou přínosy této spolupráce. Ani k jednomu si ale nedokázalo zajistit potřebné informace, a neplnilo tak úkoly dané usnesením vlády. NKÚ proto získal informace od všech správců kapitol státního rozpočtu a České národní banky vlastním dotazníkovým šetřením. Z něj vyplynulo, že ČR spolupracovala v roce 2018 s 477 organizacemi a zaplatila jim 4,4 miliardy korun.