Podle NKÚ je poměrně zásadním problémem relativně široký záběr všech podpor poskytovaných z veřejných zdrojů. Například v programovém období 2007 až 2013 bylo ze zdrojů EU spolufinancováno 273 dotačních titulů a v období 2014 až 2020 celkem 188 titulů. Takto rozsáhlý systém je značně nákladný a ve své podstatě zvyšuje riziko nesystémových podpor. Náklady na administraci programů spolufinancovaných z evropských strukturálních a investičních fondů pro roky 2014 až 2020 vyčíslil NKÚ na téměř 30 mld. Kč.

„Systém dotací je komplikovaný, zbytnělý a v důsledku toho jen obtížně řiditelný. Čím složitější je systém dotací, tím těžší je zabezpečit smysluplnost a také vzájemnou synergii poskytovaných podpor a snížit administrativní náročnost, kterou příjemci dotací často přenášejí na firmy ‚dotačního byznysu‘,“ okomentoval zjištění EU reportu prezident NKÚ Miloslav Kala.