Kontroloři se zaměřili také na údaje, které MZd v roce 2017 předkládalo pro hodnocení plnění státního rozpočtu. Z nich se následně sestavuje finanční výkaz. V závěrečném účtu a finančním výkazu nezjistila kontrola významné nesprávnosti. V účetní závěrce zjistil NKÚ nesprávnosti za 3,2 miliardy korun. NKÚ prověřil i to, jak MZd napravilo chyby zjištěné v předchozí kontrole. Opatření, která MZd přijalo, jsou podle NKÚ dostatečná.

Většina nesprávností se týkala chybně vykázaných podmíněných závazků, které souvisí s transfery, a také nevykázání podmíněných pohledávek z předfinancování transferů v příloze účetní závěrky. Chyby mělo MZd také v přehledu o změnách vlastního kapitálu, ve kterém si nesprávně nastavilo algoritmus výpočtu některých položek. Tyto údaje jsou tak nespolehlivé.