NÚKIB vznikl 1. srpna 2017 v důsledku novelizace Zákona o kybernetické bezpečnosti, na základě které se agenda kybernetické a informační bezpečnosti, společně s problematikou veřejně regulované služby Galileo, vyčlenila z Národního bezpečnostního úřadu. Pod regulaci Úřadu spadá kritická informační infrastruktura, významné informační systémy a systémy poskytovatelů základní služby, jakožto zcela zásadních prvků fungování státu. Dnes tedy NÚKIB představuje klíčovou součást bezpečnostního systému státu podílejícího se na zajišťování ochrany a obrany ČR v tzv. 5. doméně.

„Za pouhých pět let se NÚKIB vypracoval v nezávislou, národně i mezinárodně uznávanou a respektovanou organizací s přibližně 300 zaměstnanci. A zasadil se o výrazné posílení bezpečnosti a odolnosti České republiky a jejích institucí v kyberprostoru“, uvedl ředitel NÚKIB Lukáš Kintr ve své úvodní řeči a dále doplnil: „Význam institucí jako je NÚKIB, a především pak jejich správné začlenění mezi instituce podílející se na zajišťování odolnosti, obranyschopnosti a národní bezpečnosti jako celku neustále vzrůstá.“