Expozice Dějiny nabízí v celkem sedmi sálech domácím i zahraničním návštěvníkům zcela jedinečnou možnost zorientovat se v dějinách na našem území natolik, aby pochopili nejen události jako takové, ale i souvislosti mezi nimi a mohli si utvořit celistvý obrázek naší minulosti. Středověk s raným novověkem propojuje téma náboženské víry, raný novověk s moderním 19. stoletím a jeho hlavním mottem pokroku zase téma objevování a poznávání světa pomocí vědy.

Příběh dějin spojuje několik rovin informací. Hlavní snahou autorů bylo poukázat na souvislosti a připomenout vztah našich předků k tomuto území. Začínáme sice již v 9. století a končíme stoletím 19., ale mnohé z témat jsou ryze aktuální i dnes a budou i nadále. Expozice poukazuje na téma hranic a budování státu, na téma identity – ať již náboženské, zemské či národní – jazykové. Významnou roli hraje i fenomén střetu způsobeného touhou po vlivu a moci – tak často končícímu ve válečných událostech. V mikropohledu dějin tak návštěvník může sledovat středověké dobývání Křivoklátu, stejně jako velké dějiny v případě turecké expanze v 16. století nebo širší souvislosti bitvy u Kolína v 18. století.

Naše území se velmi brzy na počátku středověkých dějin dostalo do dlouhodobě stabilních hranic, uvnitř kterých se odvíjí bouřlivý náboženský vývoj a později i stejně tak bouřlivý vývoj národní. Je to silný příběh vztahu k místu, k půdě, k vlasti. Ať již jde později o uvědomělý příběh český, německý či židovský. Všechny tyto odstíny a rozdíly expozice postihuje. Zdůrazňuje i souvislosti vztahu k sousedním územím a celkům, včetně staleté spolupatřičnosti našeho území k širším státním celkům.