GFŘ, MF a GŘC vyčerpaly na projekt JIM mezi lety 2009 až 2015 téměř 3,5 miliardy korun. Kontroloři prověřili využití 2,6 miliardy korun a zjistili, že peníze putovaly na výdaje, které s JIM nesouvisely. Vedení projektu navíc tyto výdaje ani neschválilo. Přes 80 % prostředků vyčerpalo GFŘ, které z nich hradilo například běžné výdaje na pořízení, obnovu a údržbu ICT, platy a mimořádné odměny svých zaměstnanců, nákupy a rekonstrukce budov, v nichž finanční orgány sídlí, nebo třeba nákup nových služebních osobních aut. GŘC zase za peníze určené na JIM nakoupilo například uniformy a opravilo velkokapacitní rentgen. Informační systém JIM, který měl propojit informační systémy jednotlivých správců daní a pojistného a zajistit tak jejich jednotný výběr, přitom vůbec nezačal vznikat. Vedení projektu dokonce ani nepověřilo MF či GFŘ, aby na něj vypsalo zakázku, a neexistuje ani kompletní návrh architektury tohoto informačního systému.

Řízení projektu měly na starosti rada a řídící výbor projektu. Rada byla složena z ministrů financí, práce a sociálních věcí a zdravotnictví. Výbor tvořili zástupci jednotlivých resortů. V době kontroly nebylo vůbec jasné, kdo ve výboru zasedal, protože na seznamu jeho členů, který MF kontrolorům předložilo, byla jména lidí, kteří už v resortech nepracují. Podle NKÚ vedení projektu neplnilo své úkoly, neinformovalo vládu a projekt nekontrolovalo. Za sedm let se rada – tedy nejvyšší vedení projektu – sešla jen třikrát, výbor pak jen patnáctkrát. To se přirozeně negativně podepsalo na průběhu projektu.