Změna označování nástupišť a kolejí odpovídá novým pravidlům SŽDC pro umísťování a vzhled prvků orientačního a informačního systému. Ta se postupně zavádějí i v dalších rekonstruovaných železničních stanicích, například v Berouně nebo Chebu, a odpovídají pravidlům známým z většiny ostatních evropských zemí.

Pro označení každé hrany nástupiště, kde zastavují vlaky pro cestující, se bude používat jediné číslo, doplněné podle potřeby slovem kolej. Jednotlivé koleje jsou označeny od čísla 1 ve směru od hlavní přístupové cesty na nádraží ze Šumavské ulice a končí číslem 12 směrem k další přístupové cestě ze Železniční ulice. Znamená to, že se již nebudou používat samostatná čísla nástupišť 1 až 6 a doplňující čísla kolejí vycházející ze služebního číslování, která nebyla pro cestující příliš srozumitelná.