Náplní rekonstrukce stanice Mikulášovice dolní nádraží je především modernizace staničního zabezpečovacího zařízení s cílem zkrátit staniční provozní intervaly. Umožní to instalace moderního zabezpečovacího zařízení, které nahradí stávající systém ručního přestavování výhybek a jejich uzamykání výměnovými zámky. V rámci projektu proběhne také úprava konfigurace kolejiště a zvýšení nástupních hran do normové výšky 550 milimetrů nad kolejnicí. Kromě vnějšího nástupiště před výpravní budovou zde vznikne další, tentokrát poloostrovní. K němu bude přístup přes centrální přechod zabezpečený výstražnou signalizací.