Interní audit sledovaných zakázek prováděl auditorský tým Správy železnic, supervizi nad formální správností auditní činnosti vykonávalo Ministerstvo dopravy. Z jeho závěrů vyplývá, že nedošlo k zásadním pochybením ani porušení zákona.

Dokončení auditu bylo podmínkou pro vypořádání manažerské smlouvy Jiřího Svobody. Na jejím základě mu náleží vyrovnání ve výši trojnásobku jeho měsíční mzdy. Správa železnic musí postupovat odpovědně a s péčí řádného hospodáře. Neposkytnutí smluvně stanoveného odstupného by mohlo vést k riziku soudního sporu a následným finančním náhradám.