Po dobu letních prázdnin, tedy od 1. července do 31. srpna 2024, proběhnou stavební práce na obnově železniční trati v karlínské oblasti Sluncová (Pod Krejcárkem). Na samotném Masarykově nádraží začne demontáž zastřešení na nástupišti mezi 6. a 7. kolejí. Linky S2 a S22 (Praha – Lysá nad Labem – Kolín/Milovice) tak nebudou zajíždět na Masarykovo nádraží, ale budou odkloněny na hlavní nádraží. Linka S34 (Praha Masarykovo nádraží – Praha-Čakovice) bude ukončena ve Vysočanech.

Cílem Správy železnic je, aby modernizační práce měly co nejmenší dopad na denní provoz. Proto jsou výluky celé stanice naplánovány pouze na noční hodiny, proběhnou v období od 1. do 27. července, a to vždy v době od 23:40 do 4:00.

Celková přestavba Masarykova nádraží začala na počátku letošního roku. Jako první přišel na řadu archeologický průzkum, dělníci dále odstranili část kolejí a pokračují v překládce sítí a kabelů. Rekonstrukcí projdou kromě nástupišť také koleje, jejich počet se zvýší ze sedmi na devět. Celé kolejiště překlene nová platforma, která propojí dosud rozdělené lokality v sousedství Masarykova nádraží. Dokončení všech prací se plánuje v roce 2027.