Soubor pěti palácových zahrad – Ledeburské, Malé a Velké Pálffyovské, Kolovratské a Malé Fürstenberské – mezi Valdštejnskou ulicí a jižními terasami Pražského hradu je ze stavebního hlediska v havarijním stavu. Konstrukce zahrad, které vznikly v 18. století, jsou velmi namáhány výraznými výkyvy teplot danými polohou na jižním svahu. Především omítky a koruny zdiva vyžadují soustavnou intenzivní údržbu a každá dvě desetiletí komplexní obnovu - v minulosti stejně jako dnes.

Poslední celková obnova areálu probíhala ve dvou etapách; v první polovině 90. letech 20. století byly obnoveny zahrady Ledeburská a Malá Pálffyovská, mezi lety 1996 a 2000 pak zbývající části areálu. Při obnově byly použity v té době nové, technology doporučované materiály, které se v náročném prostředí zahrad neosvědčily a mají podíl na dnešním špatném stavebně-technickém stavu zahrad. Větší podíl však dnešní vedení NPÚ přičítá zanedbané údržbě v období po roce 2004, kdy byly zahrady pronajaty soukromému nájemci, který neplnil smluvní závazky. Problematický pronájem a jeho výpověď se staly předmětem dlouhých soudních sporů iniciovaných pronajímatelem, takže Národní památkový ústav převzal provozování Zahrad pod Pražským hradem až v listopadu 2010; dnes je správa a provoz zahrad v kompetenci NPÚ, územní památkové správy v Praze.

Kompletní stavební obnova areálu zahrad je v současnosti pro NPÚ prioritou. Od roku 2010 bylo do běžné údržby areálu investováno přibližně 4,9 milionu Kč (z toho 1,7 milionu na stavební údržbu a 3,2 milionu na údržbu zahradnickou), prostředky na intenzivnější stavební činnost NPÚ z vlastního rozpočtu poskytnout nemůže. V posledních letech probíhá příprava komplexní památkové obnovy této významné národní kulturní památky. V současnosti je téměř dokončena příprava první etapy obnovy areálu (pro zahrady Ledeburskou, Malou Pálffyovskou a parter Velké Pálffyovské); je zpracována projektová dokumentace, k níž NPÚ obdržel územní souhlas a souhlas s provedením ohlášeného stavebního záměru od úřadu městské části Praha 1. V červenci by měla být zpracována prováděcí dokumentace a v návaznosti na to bude v druhé polovině léta zpracován investiční záměr, podklad pro získání finančního příspěvku (SMVS) od Ministerstva kultury ČR.