Babiš vinu dlouhodobě odmítá. Kauzu Čapí hnízdo pokládá za vykonstruovaný a účelový pokus o svou kriminalizaci a o snahu vystrnadit ho z politiky. Vinu v minulosti odmítla i Nagyová.

"Státní zástupce Městského státního zastupitelství v Praze podal dne 21. března 2022 obžalobu na dvě fyzické osoby ve věci v mediálním prostoru označované jako kauza Čapí hnízdo," uvedl Cimbala. Jedné obviněné osobě je podle něj kladeno za vinu, že se dopustila dotačního podvodu a poškození finančních zájmů Evropské unie, jednání druhé osoby je kvalifikováno jako pomoc ke zločinu dotačního podvodu.

V kauze Čapí hnízdo bylo původně obviněno 11 lidí včetně členů Babišovy rodiny. Šaroch postupně zastavil stíhání všech obviněných. Bývalý nejvyšší státní zástupce Pavel Zeman však v prosinci 2019 po přezkumu obnovil stíhání Babiše a Nagyové. Zároveň potvrdil, že stíhání Babišových blízkých definitivně skončilo.