Výstavba kanálu by byla podle nich jedním z největších zásahů člověka do fungování zbytků relativně přirozených ekosystémů ČR a střední Evropy kvůli krátkodobému ekonomickému prospěchu. S výstavbou proto zásadně nesouhlasí.

Výstavba kanálu by si podle komise Akademie věd vyžádala rozsáhlé zemní práce. Těžce by narušily přirozený rozklad organických látek a následně způsobily ztrátu vody z dotčených půd a snížily jejich absorpční schopnosti.