Nejkontroverznější bod Klausova pardonu rušil stíhání většiny obžalovaných, u kterých se orgány činné v trestním řízení nedobraly výsledku ani po osmi letech vyšetřování a souzení. Díky tomu bylo osvobozeno několik známých pachatelů z oblasti hospodářské kriminality, neboť právě zde docházelo kvůli komplikovanému dokazování nejčastěji k průtahům.

Mezi amnestovanými se však objevila i řada takových, kteří před vyšetřováním preventivně uprchli do ciziny. Extrémní byl případ podnikatele, který se po několika letech na útěku dobrovolně vydal policii jen několik dní před vyhlášením amnestie. Proto nejvyšší státní zástupce Pavel Zeman v některých případech podal proti osvobození dovolání s tím, že do osmileté lhůty není možné započítat dobu na útěku.