Stará verze zákona o střetu zájmů zakazovala členům vlády podnikatelské aktivity, zároveň ale nebránila tomu, aby vlastnili většinový podíl v nějaké firmě. Vyžadovala však, aby prostřednictvím vlastnických práv nijak neovlivňovali chod firmy nebo její management. Auditorská zpráva uvádí, že Babiš, který se po volbách do Sněmovny v roce 2013 vzdal funkcí ve vedení Agrofertu, do chodu holdingu zasahoval. Jako příklad uvádí jeho rozhodnutí jako jediného akcionáře o rozdělení zisku za rok 2013, několik úprav stanov holdingu nebo rozhodnutí o propuštění jednoho ze členů představenstva.

Podle auditní zprávy tyto kroky dokazují, že se Babiš podílel na řízení Agrofertu, což znamenalo porušení zákona o střetu zájmů. „Právní služba komise si nicméně uvědomuje, že příslušný paragraf zákona neobsahuje specifické ustanovení, které by zakazovalo poskytování veřejné podpory, včetně té z evropských fondů, firmám, v nichž působil veřejný činitel,“ uvádí zpráva.