V současné době jsou daňová zvýhodnění poskytována na základě programu, jehož účinnost končí letos 30. června. Návrhy navazujících daňových zvýhodnění jsou pak obsahem Víceletého programu podpory dalšího uplatnění udržitelných biopaliv v dopravě na období let 2015 - 2020, který vládě předložilo ministerstvo zemědělství. A ta jej loni 6. srpna schválila. 
    
Návrh byl původně součástí novely, která zároveň snižuje kauci pro menší distributory pohonných hmot. Nakonec se MF rozhodlo pro samostatný materiál, protože se k tomu očekávaly právě připomínky EU. "Tyto výhrady Evropské komise směřovaly vůči způsobu výpočtu navrhovaných daňových zvýhodnění, a proto musela být tímto Víceletým programem predikovaná daňová zvýhodnění biopaliv dodatečně upravena," uvádí předloha. 
    
Z novely vyplývá, že například směs motorové nafty s minimálně 30procentním podílem metylesterů řepkového oleje bude zdaněna spotřební daní 8415 Kč na 1000 litrů. Standardní sazba spotřební daně u motorové nafty činí 10.950 Kč na 1000 litrů. Rostlinné oleje určené k pohonu motorů, které splňují kritéria udržitelnosti biopaliv, budou zdaněny podle návrhu sníženou sazbou 1180 Kč na 1000 litrů. 
    
U etanolového paliva E85 bude možné uplatňovat nárok na vrácení daně 12.600 Kč na 1000 litrů z objemu lihu obsaženého ve směsi. Dosud bylo možné uplatnit nárok 11.310 Kč na 1000 litrů. Bioplyn (v kapalném nebo plynném stavu) učený k pohonu motorů bude i nadále zcela osvobozen od spotřební daně. 
    
Obecně by podle ministerstva neměl být předložený návrh zákona schválen dříve, než bude zřejmé, že Víceletý program podpory dalšího uplatnění biopaliv v dopravě byl úspěšně notifikován EU, tedy než budou jasné konečné parametry daňového zvýhodnění biopaliv. 
    
Účinnost zákona proto MF navrhuje na 1. července 2015. Výjimkou jsou ta ustanovení zákona o spotřebních daních, která ruší daňové zvýhodnění biopaliv od 1. ledna 2021, neboť výše zmíněný Víceletý program podpory je omezen do konce roku 2020. 
    
Podle údajů zveřejněných týdeníkem Dotyk státní podpora tzv. zelených paliv stoupá. Zatímco před pěti lety představovala 723 milionů korun, v roce 2013 byla 1,5 miliardy korun. Za loňský rok se počítá s podporou 1,64 miliardy korun. Letos pak chce stát poskytnout na podporu biopaliv 1,69 miliardy korun a v roce 2020 až 2,14 miliardy korun.