Do Federálního shromáždění byl kooptován 28. prosince a ještě týž den v jeho čele nahradil Stanislava Kukrála. Předsedou zákonodárného sboru byl Dubček až do června 1992. O politikovi, jenž se v březnu 1992 stal předsedou Sociálně demokratické strany Slovenska, se uvažovalo také jako o možném prezidentovi samostatné SR. Jejího vzniku se však Dubček nedožil. V listopadu 1992 podlehl zraněním, která utrpěl počátkem září téhož roku při havárii na dálnici D1 u Humpolce.

Dubček je dnes považován za rozporuplnou postavu moderních československých dějin. Po invazi vojsk Varšavské smlouvy v srpnu 1968 byl spolu s dalšími členy vedení KSČ internován v Moskvě, kde pod nátlakem podepsal protokol stvrzující okupaci. Právě to, spolu s podpisem „pendrekového zákona“ v roce 1969, je základem Dubčekova nejednoznačného hodnocení. Pro jedny zůstal hrdinou boje za svobodu, demokracii a humanismus, druzí mu vyčítají slabost, opatrnost a nerozhodnost.