Ministerstvo školství rozděluje dotace v programech Výzkum a vývoj pro inovace a Vzdělávání pro konkurenceschopnost. Podle rektora Univerzity Tomáše Bati ve Zlíně Petra Sáhy ministerstvo určuje pravidla ještě nad rámec zákona o veřejných zakázkách a navíc je neustále mění. Ministerští úředníci navíc vydávají rozhodnutí o snížení dotace a neoprávněném použití financí bez možnosti opravných kroků.

Kvestor Masarykovy univerzity Ladislav Janíček poukázal i na nejednoznačný přístup ministerských úředníků. Stalo se prý, že ve dvou zcela identických projektech bylo rozhodnuto jednou souhlasně a podruhé nesouhlasně.