Už několik měsíců čelí obviněním z toho, že při práci ministra nerespektovala bezpečnostní opatření a přeposílala si na soukromý e-mail dokumenty, které byly v režimu utajení. Spor se vede o to, do jaké míry byly některé obsahy e-mailů utajované v době posílání, či zda nedostaly status utajení teprve později.

Obvinění mají nepochybně politický rozměr v rámci současného politického boje o nominace a hraje na ruku republikánským oponentům při oslabování důvěryhodnosti Hillary Clintonové. V rámci vyšetřování Clintonová souhlasila se zveřejněním obsahu konverzací na jejím e-mailu. Konkrétně uvolnila 30 tisíc z nich, zatímco dalších 31 000 odmítla dát k dispozici a označila je za „soukromé“. Asi 7 000 z let 2009 až 2010 je teď k dispozici na webu ministerstva zahraničí USA.  E-maily, které byly zveřejněny, ovšem prošly bezpečnostním „skenem“ ministerstva a velké části z nich byly začerněny, tak aby konkrétní informace nebyla veřejná. Kvalitu a obsah Wikileaks očekávat tedy není možné, i když e-maily dávají nahlédnout do „kuchyňky“ amerického ministra zahraničí.

To nejzajímavější je v e-mailech začerněno, takže není možné se například dozvědět nic konkrétního o obsahu rozhovorů Hillary s jinými politiky a hlavami států. Většina e-mailů se týká koordinace schůzek, informačních a politických „memo“ (zpráv o situací v různých zemích a regionech), koordinování proslovů na nejrůznějších akcích, včetně určování témat, poděkování či požadavků k Hillary Clintonové.