Vyšlo na povrch, že v roce 2011 nevedlo Ministerstvo školství průkazné účetnictví. Kvůli chybějícímu systému zajišťujícímu kompletní inventarizaci v souladu se zákonem o účetnictví nebyl nehmotný majetek inventarizován vůbec. NKÚ objevil chyby i v oblasti dlouhodobého majetku či předfinancování výdajů, které má později proplatit Evropská unie.

NKÚ se během kontroly účetnictví ministerského resortu zaměřil především na spolehlivost údajů účetní závěrky, na finanční výkazy a závěrečný účet ministerstva za uplynulý rok. Celkem byla za nesrovnalosti vyčíslena částka přesahující 26 miliard korun. "To je částka, která přesáhla desetinásobek stanovené hladiny významnosti. Má tak významný dopad na spolehlivost údajů účetní závěrky ministerstva," informovala server idnes.cz mluvčí úřadu Olga Málková.