NKÚ nalezl při kontrole velké nedostatky. "Například regionální rada Jihozápad umožnila dvěma manažerům, kteří mají projekty hodnotit nezávisle na sobě, konzultovat svou práci. Pak se ve svých hodnoceních i výstupech naprosto shodovali," uvedl úřad. Regionální rada podle NKÚ porušila pravidlo "kontroly čtyřma očima", a tím evropské i vlastní předpisy. 

Neoprávněně byly peníze vyplaceny například Českému Těšínu, který z ROP pro Moravskoslezsko získal peníze na úpravu chodníků, parkoviště a inline dráhy. Kontroloři na místě zjistili, že město nevystavělo vše, co v projektu přislíbilo. Obec Boršov nad Vltavou na Českobudějovicku zase svou stavbu zkolaudovala o měsíc a půl později, než podle projektu měla, a porušila tak podmínky smlouvy. Regionální rada Jihozápad přesto schválila proplacení dotace 30,5 milionu korun.

Kontroloři našli velké rozdíly v cenách odborných prací. NKÚ poukázal na to, že výdaje za zpracování žádostí o dotace a za řízení projektů u některých žadatelů představovaly méně než procento z ceny projektu, u jiných naopak více než pět procent. Představitelé Úřadu regionální rady regionu soudržnosti Jihozápad Jiří Trnka a jeho podřízený Martin Půlpytel čelili kvůli rozdělování dotací obvinění ze zneužití pravomoci, pražský městský soud je ale v červenci zatím nepravomocně zprostil obžaloby.