Peksa, který byl loni v květnu zvolen do Evropského parlamentu, se v listopadu funkce místopředsedy vzdal. Reagoval tak na to, že další z místopředsedů Michálek ustál hlasování členů strany a zůstal místopředsedou. Podnětem k hlasování o Michálkovi byl příspěvek vedoucí personálního odboru Pirátů Jany Koláříkové na stranickém fóru, ve kterém psala o Michálkově arogantním jednání a psychické šikaně podřízených. Peksa následně uvedl, že by rezignoval na funkci místopředsedy, pokud jím Michálek zůstane. Šéf pirátských poslanců Michálek už dříve oznámil, že na lednovém fóru na pozici místopředsedy znovu kandidovat nebude. O pozici ve vedení strany již neusiluje ani Peksa.

Strana v posledních dvou letech, která uplynuly od předchozího volebního fóra, uspěla v komunálních volbách i volbách do Evropského parlamentu. Na komunální úrovní se ve volbách na podzim 2018 prosadila především v Praze, kde skončila s 13 mandáty druhá za ODS a po uzavření koalice s volebními seskupeními Praha Sobě a Spojené síly pro Prahu (TOP 09, STAN, KDU-ČSL) získala i místo primátora, kterým se stal Zdeněk Hřib. Strana se prosadila i v dalších městech, například její zástupci jsou členy rady v Brně, Ostravě a ve Zlíně, uspěli například i v Plzni, Pardubicích a Olomouci. Piráti celkem obsadili v ČR 358 míst zastupitelů, o čtyři roky dříve to bylo 29.