Vyšetřovací výbor, který je ruskou obdobou americké FBI, Chodorkovského v nepřítomnosti obvinil z nařízení vraždy nepohodlného starosty západosibiřského Něftějugansku z roku 1998. Starosta prý požadoval na ropném koncernu Jukos, který Chodorkovskij řídil, aby vyplatil státu nepřiznané daně.

Chodorkovskij má podle vyšetřovatelů i podíl na smrti tělesného strážce podnikatele Jevgenije Rybina. Stalo se tak údajně při jednom z pokusů zabít Rybina v letech 1998 až 1999. Při střelbě bylo tehdy také zraněno několik dalších lidí.