Alternativa pro Německo vystupuje otevřeně jako protiislámská strana. Nedávno se nechala slyšet, že chce zakázat veřejné projevy muslimské víry v zemi. Islám je totiž podle ní v rozporu s německou ústavou. Vládní konzervativní unie CDU/CSU a sociální demokracie (SPD) postoj AfD tedy kritizovaly, podle nich strana projevuje extremistické názory. Muslimská rada reagovala přirovnáním AfD k Hitlerově nacistické straně.

Představitelé AfD vyzvali ke všeobecnému zákazu nošení burky a nikábu, tedy oděvů, které zakrývají celý obličej muslimských žen. Žádají také, aby ve školách bylo učitelkám i žákyním zakázáno nosit na hlavě šátek, který je podle strany projevem utlačování žen. Strana rovněž požaduje zákaz chlapecké obřízky, která patří k tradičním náboženským rituálům muslimů i Židů.