ODS chce svým návrhem posílit nezávislost útvaru na ministrovi i ministerstvu. Předkladatelé podle důvodové zprávy také zvažovali možnost zřídit FAÚ jako samostatný úřad podřízený vládě nebo jako samostatný úřad v rámci Ministerstva financí. Konečný efekt by však podle nich nebyl přiměřený nákladům, které by si to vyžádalo.

Předloha prý neodráží projednávanou novelu služebního zákona, která už jmenování i odvolání ředitele FAÚ řeší

ODS také navrhuje zřízení sedmičlenné komise složené z poslanců. Ministerstvo by jí muselo na její žádost poskytovat potřebné informace o činnosti útvaru. V návrhu stanoviska pro vládu ale stojí, že předkládaný zásah do zákona by byl nesystémový. Navrhovaná změna podle stanoviska neřeší větší nezávislost nebo dokonce samostatnost FAÚ. „Kontrola je navrhována zcela obecně a nadbytečně rozšiřuje okruh osob, které by se mohly například seznamovat s průběhem a výsledky šetření prováděných na základě oznámení o podezřelých obchodech od povinných osob," stojí v materiálu.