Známější je ale Novák jako ředitel Úřadu vlády. Do této funkce jej uvedl Mirek Topolánek, kterému jej měl jako svého někdejšího spolužáka dohodit Marek Dalík. V pozici šéfa Strakovy akademie vydržel i za jeho úřednického nástupce Jana Fischera, který si výkonného úředníka údajně velmi oblíbil.

Petr Nečas jej z vládního úřadu propustil a Novák se následně uchytil jako náměstek ředitele v Národním bezpečnostním úřadu. Po dvou letech funkci opustil, neboť si na něj vzpomněl bývalý šéf Jan Fischer, který jej angažoval jako šéfa své kampaně před prezidentskými volbami.