Týnský chrám byl od počátku husitské revoluce, tedy někdy od roku 1420, přes dvě stě let, hlavním chrámem českých utrakvistů. V něm měl faru např. zvolený arcibiskup české církve podobojí a blízký spolupracovník krále Jiřího z Poděbrad, Jan Rokycana.

Po vítězství katolických vojsk v bitvě na Bílé hoře, byla zahájena v Čechách a na Moravě násilná rekatolizace a do Týnského chrámu byl dosazen kněz, který již nepodával podobojí. Prostě do Týnské chrámu přišel katolický kněz. Zanedlouho poté byl stržen z průčelí kostela husitský kalich, rozbit na kusy a z jeho kovu byla odlita socha Panny Marie vítězné.

Třicetiletá válka probíhala za velkého utrpení zejména českého obyvatelstva i obyvatel celé střední Evropy a za střídavých válečných úspěchů obou stran konfliktu, tedy katolíků a protestantů, neuvěřitelných třicet let. V jejím závěru došlo k narovnání v rámci tzv. Vestfálského míru, v němž se obě strany konfliktu dohodly mj. na rozdělení střední Evropy, podle konfesijního principu. To platilo zejména pro Čechy a Moravu. České království v průběhu třicetileté války opustily statisíce Čechů. Byli to vesměs lidé, kteří nechtěli konvertovat k vítězící katolické víře. Tedy protestanti všech vyznání – čeští bratři, luteráni, utrakvisté, kalvinisté. Ze země odešla nejvzdělanější část národa a také nejvýznamnější část české šlechty.

Pozemkové držby v zemi se na základě rozhodnutí habsburského, tedy katolického panovníka zmocnila vesměs cizí šlechta, která k nám přišla z mnoha zemí střední a západní Evropy a jejíž mužští příslušníci bojovali na straně Habsburků v jejich vojscích proti protestantům. Tedy také proti protestantům českým. Nemálo se přiživila na rozchvácení pozemkového a dalšího majetku české nekatolické šlechty také katolická církev. Ta se v Čechách z celkem opovrhované instituce z počátku 17. století, tedy z doby před třicetiletou válkou, stala v Čechách a na Moravě dominantní hospodářskou a politickou silou.