Juan Diego Flórez jako mladík zpíval rock a pop a obdivoval Elvise Presleyho, klasická hudba ho uchvátila teprve později. Pochází z hudební rodiny, jeho otec zpíval tradiční peruánské písně, matka organizovala koncerty a svého syna v hudebních aktivitách velmi podporovala. Operní debut Juana Diega Flóreze se odehrál na Rossiniho operním festivalu v Pesaru, kde na poslední chvíli zaskočil za nemocného kolegu v opeře Matilde di Shabran. Jeho vystoupení vyvolalo doslova senzaci. „Měl jsem zpívat jednu z malých rolí, ale náhoda tomu chtěla, že jsem dostal šanci vystoupit v hlavní úloze Corradina. Musel jsem se ji naučit za pár dní. Byl to zlomový bod v mé kariéře.“ Krátce nato dostal pozvání do milánské La Scaly, kde pod taktovkou Riccarda Mutiho ve svých 23 letech otevíral novou operní sezónu. O rok později debutoval v Královské opeře v Londýně. Od té doby vystoupil na všech významných operních scénách světa včetně Metropolitní opery, Pařížské opery, Vídeňské státní opera ad., pod vedením předních dirigentů. Uznání se mu dostalo zejména za role v operách Rossiniho, Donizettiho a Belliniho. „Všechno to pro mě bylo až neskutečné. Ale v této branži je důležité mít pevné nervy. Vždycky jsem šel do všeho po hlavě a vyplatilo se mi to. Náhoda a štěstí samozřejmě nestačí, člověk musí být také perfektně připravený, aby mohl uspět.“

Juan Diego Flórez nahrává už patnáct let exkluzivně pro společnost Decca, pro niž natočil řadu recitálových alb a podílel se i na nahrávkách několika oper. BBC ho označila za jednoho z největších tenoristů historie. „Když zpívám, vnímám především radost ze zpěvu. Je to energie, kterou předáváte ostatním. Opery jsou různého druhu, některé jsou extrémně náročné, virtuózní, třeba opery Rossiniho, zejména jeho Le comte Ory, či opery Donizettiho a Belliniho. Jiné jsou romantičtější, jsou o vášni a zpěvu velkých slov, jako například Gounodova opera Romeo a Julie, kterou teď zpívám ve Vídni. Ale koneckonců vždy jde o to krásné proudění energie mezi vámi a publikem. A právě to je na zpěvu to nádherné.“ Juan Diego Flórez získal řadu cen včetně nejvyššího peruánského vyznamenání Gran Cruz de la Orden del Sol. V roce 2012 byl poctěn titulem „Komorní pěvec“ udělovaným rakouskou vládou a stal se také vyslancem dobré vůle UNESCO.