Bylo jen na svobodné vůli akademického senátu, jak by se dnes řeklo, jestli člověka vydá jiné spravedlnosti nebo ho ochrání. 

Je téměř v lidské přirozenosti, že když má někdo právo, druhý se snaží připravit ho o něj. A tak se dělo i s univerzitami. V průběhu staletí vládci, často potomci zakladatelů vysokého učení, usilovali o to, aby nad nimi získali moc. Je třeba říct, že se jim to docela dařilo. 

Vezměme jako příklad třeba pražskou Karlovu univerzitu. Založena byla v roce 1348 jako svobodné nezávislé vysoké učení. O necelých tři sta let později, v dobách třicetileté války, se Habsburkům podařilo postavit tzv. světské fakulty pod přímý dohled státu. Ty zbývající si ohlídala katolická církev. Za Josefa II. koncem 18. století byla Karlova univerzita zestátněna a zbavena vlastního hospodářství. Do té doby totiž žila podobně jako církev ze svých statků. Získávala je nejčastěji darem od panovníka. Musela na nich hospodařit velmi zručně, neboť neměla zdaleka tolik nemovitostí jako katolická církev.