V roce 1998 byla NG vyměřena částka 68,3 milionů Kč, kterou byla povinna vrátit do státního rozpočtu. Jenom penále za neoprávněně použité státní dotace činilo 24,6 milionů Kč.

Celkové účetní nedostatky dosáhly 615 milionů Kč!!!

Velkou část neoprávněně použitých prostředků tvořila účelová dotace 44 milionů Kč přidělená na provoz nově otevřeného Veletržního paláce, kterou tehdejší vedení NG použilo ve prospěch Sbírky starého umění řízené J. Fajtem.

V r. 1999 existovalo v Národní galerii 25 kont s nejrůznějšími dispozičními právy, která byla zrušena až na konci roku po nástupu generálního ředitele Milana Knížáka.

Od 16. 2. do 21. 5. 2006 se v Obrazárně Pražského hradu uskutečnila výstava Karel IV., hlavní kurátor byl J. Fajt. Náklady, které na výstavu Správa Pražského hradu (SPH) vynaložila, dosáhly 71 milionů Kč. Po výstavě zbyl SPH deficit cca 61 milionů Kč. Jiří Fajt fakturoval za přípravu výstavy SPH 1 982 496 Kč, což je v Čechách nehorázná suma.