Zdeněk Fišera se dlouhodobě věnoval historii, a to především historii architektonických památek středověku. Mezi jeho nejoblíbenější témata patřily fortifikační stavby a jejich vývoj.

Fišera byl i kmenovým autorem nakladatelství Libri, kde postupně vyšly jeho velké encyklopedie Skalní hrady zemí Koruny české, Jeskynní hrady střední Evropy, Encyklopedie městských věží v Čechách, na Moravě a ve Slezsku a Encyklopedie městských bran v Čechách, na Moravě a ve Slezsku. Podílel se i na dalších velkých projektech, třeba na encyklopedii Historické radnice Čech, Moravy a Slezska s archeologem Karlem Kibicem. Jedním z jeho skutečně obdivuhodných děl je publikace Loupeživí rytíři a zemští škůdci království českého a jejich sídla.