FAÚ funguje dobře a nezávisle, jeho osamostatnění by ničemu neprospělo. V souvislosti se zlepšováním činnosti Finančního analytického útvaru Ministerstva financí ČR (FAÚ MF ČR) a také ze strachu některých osob před schopností odhalovat korupci padají návrhy, aby se osamostatnil ze struktury MF. Domnívám se, že by to přineslo více nevýhod než výhod.

FAÚ byl zřízen v roce 1996 jako součást MF s tím, že jeho činnost úzce souvisí s působností MF vyjádřenou v kompetenčním zákoně. Přitom však již v tomto zákoně byla stanovena jeho relativní samostatnost: „…Organizační složka, která plní úkoly a vykonává pravomoci, které jí podle tohoto zákona přísluší, musí být technicky oddělena od jiných pracovišť Ministerstva financí a musí v ní být uplatňována taková organizační, personální a jiná opatření, která zaručují, že s informacemi získanými při aplikaci tohoto zákona nepřijde do styku nepovolaná osoba.“ Podle metodologie mezinárodního Finančního akčního výboru proti praní peněz by měl mít FAÚ „… dostatečnou provozní nezávislost a autonomii, aby bylo vyloučeno přílišné ovlivňování nebo zásahy“. Tyto požadavky a podmínky jsou v současnosti bezesporu plněny.

Je třeba připomenout, že FAÚ není součástí orgánů činných v trestním řízení, pouze sbírá a analyzuje finanční informace jak z domácích, tak ze zahraničních zdrojů. Při zjištění podezření na trestnou činnost takové informace předává orgánům činným v trestním řízení. Nelze se tedy na něj dívat optikou, jakou se díváme na tyto orgány.