Už proces vznikání Ústavu provázela emotivní diskuse mezi pravicí a levicí: občanští demokraté usilovali o bádání čistě v éře komunistické, demokraté sociální vyjadřovali obavy, že bude docházet k vágně podloženým „honům na čarodějnice“. Výsledkem byl kompromis, že se Ústav bude věnovat i období nacistické okupace. Což ale na prvý pohled spíš spadá do působnosti jiné instituce, Ústavu pro soudobé dějiny pod Akademií věd. 

Zkoumání období mezi lety 1948 – 80 mělo ovšem začít podstatně dříve. Jenže chyběla politická vůle – po Listopadu jsme učinili známou tlustou čáru, i když na druhé straně byl přijat zákon o protiprávnosti komunistického režimu. Nicméně dědička totalitní KSČ zůstala legitimní stranou a trvale zasedá v parlamentu. A i pravicoví politikové dnes realisticky vidí, že šance zakázat KSČM dávno minula a strana se pomalu ale jistě blíží v nějaké podobě podílu na moci. Zda k tomu dojde, záleží nejen na voličích, ale i na stavu domácí politické scény. A ještě je třeba poznamenat: podobné instituce jako ÚSTR jsou pod tlaky také u sousedů: na Slovensku vadí levici i nacionalistům, v Polsku se stával politickým nástrojem v rukou ostře pravicových bratrů Kaczynských. A tak nejlepší příklad zůstává německý – tamní instituci pro zkoumání komunistické éry, týkající se ovšem především někdejší NDR, vedl od devadesátých let nynější prezident Gauck, který morální autoritou přispěl k provětrání atmosféry. A západní Němci už měli za sebou zkušenost z vleklé reflexe hitlerovské historie.