Po přijetí Mnichovského diktátu v září 1938, který nebyl nikdy ratifikován československým parlamentem a tudíž z mezinárodního práva byl neplatným dokumentem, se začalo nad politickým stranictvím smrákat. Strany se buď rozpouštěly samy (likvidačními sjezdy), nebo byly úředně rozpouštěny, jako například KSČ. Ta již na konci roku 1938 v podstatě přešla do ilegality.

Národní socialisté likvidovali v závěru roku 1938 a část přešla do Národní strany práce (NSP) a další členové pak menšinově do Strany národní jednoty, dvou připuštěných stran, které druhorepublikový režim oficiálně povolil. Do NSP přešla ještě část tzv. legionářského křídla ČSNS - J. Patejdl, K. Moudrý, F. Richter, J. B. Kozák a další. NSP působila v dobové terminologii jako ,,loajální" opozice vůči ,,vládnoucí" Straně národní jednoty (předsedou se stal R. Beran), sdružující bývalé agrárníky.

Jednotliví členové rozpuštěné ČSNS se angažovali v českých odbojových skupinách. M. Horáková tvořila důležitou součást Petičního výboru věrni zůstaneme (PVVZ) a Politického ústředí (PÚ). Zde měla v popisu práce zejména zpravodajskou činnost, v jejímž důsledku ji pak posléze zatklo gestapo. Hlavním úskalím práce v podzemí však byly pravidelné čistky ze strany gestapa, které okupanté brali jako zásahy preventivní. Ve svých důsledcích však odboj velmi oslabily. Na mysli máme akci Gitter (mříže) z března 1939, které kromě komunistů a sociálních demokratů padlo za oběť i několik stovek národních socialistů. Tyto akce se pak pravidelně opakovaly.