Krize katolické církve umocňoval i fakt, že od roku 1409 měla tři papeže (!) činící si nezávisle na sobě nárok na ten „pravý“ pontifikát. Papežové dlící v Pise, Avignonu a Římě jen dokreslovali situaci, v níž se církev nacházela. Hus bojoval ve svých spisech (traktátech) i projevech hlavně proti soudobým nešvarům katolické církve, které považoval za zásadní - odpustky, svatokupectví, plédoval proti nadměrné kumulaci majetků vysokých církevních hodnostářů. Přitom se Hus vždy odvolával na Písmo svaté jakožto prvotní pramen. Od roku 1402 začal kázat v Betlémské kapli a jeho názory se postupně radikalizovaly.

Inspirován anglickým náboženským myslitelem J. Wycliffem (Viklefem) se snažil o komplexní nápravu katolické církve a usiloval o její obrat zpět k původní, tedy apoštolské církvi. Ve svém snažení byl podporován zejména manželkou krále Václava IV. Žofií i jím samotným, avšak jen do doby, než začal brojit proti odpustkům, z nichž měl panovník svůj pravidelný podíl.

Stejně jako jeho vzor Wycliff byl brzy nařčen z toho, že káže bludy a dopouští se hereze. Pražský radikální arcibiskup Z. Zajíc z Házmburka nařídil spálit Wycliffovy knihy a spisy a uvrhl Husa do klatby (interdikt), s čímž Václav IV. nesouhlasil. Poté, co na něho uvrhl klatbu i pisánský vzdoropapež Jan XXIII., odešel Hus z Prahy a uchýlil se v roce 1413 na Kozí Hrádek a posléze na hrad Krakovec.