Pokud by rozsáhlé změny, které predikuje nový zákon, přece jen začaly platit, chystají akademici i studenti protesty a petiční akce, neboť chystané změny jdou podle nich špatným směrem a neřeší principiální problém vysokých škol – jejich financování.

Rozhořel se dlouhotrvající boj, na jejímž konci bude téměř jistě prosazení zákona ministrem školství. Univerzity se tak spojily do jednoho šiku s Radou vysokých škol, která již dříve prohlásila věcný záměr zákona jako neúplný, nekvalitní a nebyla spokojena s jeho malým rozsahem. Samotná příprava koncepce zákona o vysokých školách (2 zákony) pak stála 93 milionů korun. Zákon o vysokých školách má nahradit stávající zákon č. 111/1998 Sb., který byl přijat 22. 4. 1998 úřednickou vládou J. Tošovského.  

Kromě výše zmíněných plánovaných opatření vadí představitelům univerzit snížení členů akademických senátů, omezení platnosti titulu docent a profesor pouze na ,,domovskou“ univerzitu a nikoliv na celorepublikovou úroveň a zavedení správních rad podle vzoru soukromých společností, jejichž členy by z jedné třetiny jmenoval sám ministr. Univerzity si dlouhodobě stěžují na nedostatečnou komunikaci ze strany ministerstva školství, neochotu naslouchat připomínkám vysokých škol, kterých je několik desítek. Je to dáno i tím, že univerzity jsou za zásady institucemi konzervativními, které zaujímají ke skokovým až překotným změnám opatrné, až podezřívavě stanovisko. Ministerstvo školství argumentuje nutností reformovat vysoké školství a tím, že Nečasova vláda došla v koncipování zákona nejdál. Topolánkova vláda svého času chystala prosadit nový vysokoškolský zákon i se školným, o němž předtím prohlašovala, že zavedeno nebude.