R. Heydrich do úřadu zastupujícího říšského protektora v Protektorátu Čechy a Morava nastoupil v září 1941. Jeho úkol spočíval v potlačení sílícího domácího protinacistického odboje. Po svém příchodu okamžitě vyhlásil stanné právo a nechal popravit řadu uvězněných účastníků odboje – vůdce vojenské odbojové organizace Obrana národa, činovníky Sokola a též komunisty. Za spolupráci s odbojem a s exilovou vládou v Londýně byl také zatčen protektorátní předseda vlády Alois Eliáš. Spousta lidí, které Němci podezírali z účasti na odboji, byla masově zatýkána a bez milosti popravována. První stanné právo bylo odvoláno až 19. ledna 1942, kdy byla jmenována nová protektorátní vláda v čele s Jaroslavem Krejčím. Důvodem k atentátu na R. Heydricha bylo rozhodnutí československé exilové vlády v Londýně, která tak hodlala pomstít popravy předních členů vojenské ilegální organizace Obrana národa, které byly uskutečněny po jeho příchodu do Prahy.

O likvidaci R. Heydricha bylo ve Velké Británii rozhodnuto 3. října 1941 a k provedení operace Anthropoid byli vybráni rotmistr Jozef Gabčík a rotný Karel Svoboda, ale ten se při cvičném seskoku zranil a z operace byl vyřazen. Na jeho místo nastoupil rotmistr Jan Kubiš a společně s Gabčíkem a dalšími československými vojáky zahájili výcvik ve Skotsku.