Nicméně systém akreditací je vážně ohrožen už nyní – někdy i za potlesku studentů. Jak to?  

Kvalitu vysokoškolského studia má podle zákona o vysokých školách zajišťovat Akreditační komise, což je 21členný samosprávný orgán vysokých škol. Předsedu, místopředsedu a členy Akreditační komise jmenuje na návrh ministra školství vláda. Ministr si před předložením návrhu vyžádá doporučení reprezentace vysokých škol, Rady vlády České republiky pro výzkum a vývoj a Akademie věd České republiky a návrh s nimi projedná. Protože AK je samosprávný orgán, nemůže rozhodovat, jenom navrhovat. Správní rozhodnutí dělá ministerstvo, které je však vázáno názorem Akreditační komise: pokud nevydá souhlasné stanovisko, nemůže akreditaci udělit. Standardní uspořádání fungovalo až do příchodu ministra Dobeše. Pak se začaly množit konflikty.  

Ministerstvo zamítlo návrh Akreditační komise na omezení akreditace spočívající v zákazu přijímat studenty na Univerzitě Jana Amose Komenského Praha, s.r.o., přestože bylo zjevné, že množství studentů (podotýkám: několik tisíc) vysoká škola nezvládá a tomu odpovídá i nekvalitní úroveň závěrečných prací. Ministra Dobeše upozornil vlastní aparát, že jde o nezákonné rozhodnutí ředitele odboru vysokých škol a ministr ho zrušil. Jenže ministerstvo žádné nové rozhodnutí ve věci nevydalo a od října 2011 v řízení nekoná. Důsledky: na vysoké škole přetrvávají nedostatky. Tak vypadá péče ministerstva o kvalitu vysokých škol.  

Ministerstvo neprojednalo ani návrhy Akreditační komise na odnětí akreditace u některých studijních programů Bankovního institutu, vysoké školy, a.s., ačkoli zákon o vysokých školách výslovně stanovuje 120 denní lhůtu pro vydání rozhodnutí. Akreditační komise přitom zjistila mimořádně závažné nedostatky při realizaci českého vysokoškolského studia
 na Ukrajině a v Maďarsku, jehož uskutečňování navíc vysoká škola tajila. Důsledky: pod hlavičkou České republiky se v zahraničí vydávají vysokoškolské diplomy na základě studia, jehož podoba, natož kvalita je neprokazatelná. To hraničí s ohrožením dobrého jména republiky v zahraničí.  

Ministerstvo nerozhodlo ani o návrhu Akreditační komise z června 2011, kdy komise navrhla omezit akreditaci u magisterského studijního programu na Fakultě právnické Západočeské univerzity v Plzni. Fakulta měla mít zákaz přijímat nové uchazeče. Důsledek: fakulta se ukolébala v přesvědčení, že vlastně nemusí nic řešit.  

Akreditační komise při dalším zkoumání situace na plzeňských právech konstatovala, že pokračují závažné nedostatky při uskutečňování magisterského studijního programu. Aby otevřela prostor pro řešení situace studentů, prodloužila přesto jeho akreditaci o tři měsíce. Ač šlo o standardní, mnohokrát používaný postup, ministerstvo poprvé označilo takový návrh za vadný s jasným cílem dosáhnout toho, aby o době akreditace mohlo rozhodovat samo. To je ovšem zcela proti účelu akreditací. Doba platnosti je součástí akreditace a stanovuje ji Akreditační komise.  

Nezbývá než konstatovat, že současné vedení ministerstva školství dlouhodobě nezákonně a účelově zasahuje do akreditačního procesu a vytváří tím netransparentní prostředí. Svými rozhodnutími paralyzuje činnost Akreditační komise, která je nezávislým orgánem sice jmenovaným vládou, ale na základě návrhu akademické obce z řad předních domácích a zahraničních odborníků. Odborné kolektivní rozhodování ministr nahradil vlastním politickým rozhodnutím. To je ovšem hrubý zásah do akademických svobod doprovázený politováníhodným potleskem studentů plzeňských práv. Dávají tím adekvátní vysvědčení škole, která je vychovala. Budou to ignorovat studenti ostatních vysokých škol?