Té bylo po sametové revoluci v roce 1998 zejména vytýkáno, že byla postavena na monokratickém principu, včele s generálním prokurátorem, který mohl zasahovat do jednotlivých kauz až po okresy a dále jí bylo vytýkáno, že byla převzata ze sovětského modelu, což se ovšem nezakládalo na pravdě, neboť prokuratura byla svým skutečným původem francouzským modelem.

Státní zastupitelství počalo fungovat v roce 1993 a bylo článkem 80 Ústavy vřazeno do moci výkonné, což se odráží v zákoně o státním zastupitelství č. 283/1993 Sb. v řadě oprávnění ministra spravedlnosti vůči resortu státního zastupitelství ( jmenování státních zástupců, určování jejich počtu, zajištění financování resortu atd. ) Jakkoliv byly tyto pravomoci oproti původnímu znění zákona o státním zastupitelství novelou č. 14/2002 Sb. významně oslabeny ( do té doby byl ministr spravedlnosti podle § 123 odst. 1 zákona o státním zastupitelství služebně nadřízen nejvyššímu státnímu zástupci a vykonával dohled nad činností Nejvyššího státního zastupitelství ), stále je závislost státního zastupitelství na moci výkonné dle stanoviska Ústavního soudu ( ze dne 23.3.2004 I.ÚS 573/02 ) natolik významná, že „ ….. zákonodárcem zvolené funkční uspořádání institucionálně nebrání možným ingerencím exekutivy do rozhodování státních zástupců….. “, přičemž  „…… právě potencionalita možného účinného nátlaku brání považovat státního zástupce za orgán nezávislý, jak to má na mysli Úmluva…. “.  Dalším významným faktorem oslabujícím nezávislost státního zástupce je samotná vnitřní struktura fungování státního zastupitelství, spočívající na vztazích nadřízenosti a podřízenosti jak mezi jednotlivými stupni státního zastupitelství, tak i uvnitř jednotlivých úřadů i když i zde došlo oproti bývalé prokuratuře k oslabení principů centralizace a monokracie.