Kormorán velký je podle platné právní úpravy zařazen mezi zvláště chráněné druhy živočichů v kategorii „ohrožený“. Nově bude ze seznamu zvláště chráněných druhů, obsaženého ve vyhlášce č. 395/1992 Sb., kterou se provádějí některá ustanovení zákona č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, ve znění pozdějších předpisů, vyškrtnut.

„Vyškrtnutí ze seznamu zvláště chráněných druhů neznamená, že by již kormorán velký nebyl chráněn. Chráněni kormoráni budou stejně jako všechna ptactva v České republice i v celé Unii podle příslušných zákonů a směrnic, ale nebudou na seznamu těch nejvíce ohrožených druhů, u kterých hrozí vyhynutí,“ říká ministr životního prostředí Tomáš Chalupa.

S ohledem na současný stav celoevropské populace kormorána velkého i s ohledem na to, že z evropského práva nevyplývá žádný požadavek na zvýšenou míru ochrany tohoto druhu, je stávající ochrana nadbytečná. Zařazení kormorána velkého mezi zvláště chráněné druhy živočichů odráželo stav jeho populace na přelomu 80. a 90. let, kdy se na našem území vyskytoval pouze při jarním a podzimním tahu a nehnízdil zde téměř žádný pár.