Hlavním důvodem pomalejšího chodu registru vozidel je nejednost zápisu databází starého systému. V praxi to pak znamená, že zapsaná data neodpovídají stejnému zápisu v centrálním registru, protože byla v minulosti uváděna na každém jednotlivém pracovišti jiným způsobem. Žádná data se tedy neztrácejí, jen je nutné je fyzicky přepsat.

“Dodavatel centrálního systému začal vysílat své pracovníky přímo na jednotlivá pracoviště registru, kde pomáhá se zpracováním agendy. Dnes mně například úředníci v Plzni potvrdili, že během dne odbavil všechny žadatele, přestože jejich vyřízení trvalo déle, než jsou zvyklí. Znamená to například, že pokud v databázi nejsou správně zařazeny jednotlivé položky, tak je program hlásí jako chybné. V takovém případě je nutné je znovu zadat. To je samozřejmě nevýhoda centralizace, ke které jsme však museli přistoupit, i kvůli Evropské unii," uvedl ministr dopravy Pavel Dobeš.

Dříve pracoval registr na 77 hlavních úložištích dat a jednotlivé záznamy o vlastnících nebo typu vozidla byly ukládány nejednotně. Z tohoto důvodu je také centrální registr vozidel stále závislý na spolupráci s jednotlivými úředníky. Pokud je například u historie vlastníků vozidla uvedeno více osob a jejich jména jsou uvedena v databázi nesystémově, je třeba je znovu přepsat a uložit.