Cílem vládního návrhu je především napravit některé majetkové křivdy spáchané církvím a náboženským společnostem komunistickým režimem v období od 25. února 1948 do 1. ledna 1990 na území dnešní České republiky.

Důležitým cílem vyrovnání je umožnit církvím a náboženským organizacím, aby byly hospodářsky nezávislé na státu. Proto mají být vráceny přednostně zemědělské nemovitosti – pole, louky, lesy, rybníky a související stavby, se kterými dříve hospodařily.

Má jít jednak o naturální restituci spočívající ve vydání části původního majetku církví a náboženských společností a jednak paušální finanční náhradu za majetek, který se vydávat nebude.

Podle návrhu se má vydávat jen ten původní majetek církví a náboženských společností, který je dnes ve vlastnictví státu, přičemž návrh současně předpokládá výčet důvodů, pro které se ani některé věci z tohoto majetku vydávat nebudou.

Součástí majetkového vypořádání státu s církvemi a náboženskými společnostmi je podle návrhu zákona i postupné snižování a nakonec úplné zrušení financování platů duchovních a dalších výdajů církví a náboženských společností ze státního rozpočtu.