Synagogu nechal na Štěpánské ulici postavit koncem 19. století Židovský náboženský spolek. S příchodem nacistů a blížícím se začátkem druhé světové války byl ale vývoj židovské komunity na Vsetíně brutálně přetržen. V noci z 19. na 20. března 1939 byla synagoga vypálena příslušníky Schutzpolizei. Během následujících tří let byli občané židovské příslušnosti odvlečeni do vyhlazovacích táborů. Z 81 Židů, kteří žili na Vsetíně v roce 1939, se jich vrátilo po válce domů pouze pět.