Ovšem od samotného počátku předseda Juncker nevhodně nastavil strukturu Komise pospojováním nesouvisejících portfolií a dost zmateným způsobem přesouval jednotlivé komisaře mezi různými portfolii. Navíc vytvořil čtyři místopředsedy komise, kteří jsou dnes nadřazeni ostatním komisařům, což zcela popírá smysl fungování komise. To vše od počátku nebudilo důvěru v pana Junckera.