Ve zprávě se konstatuje, že celkové náklady v prvních pěti letech odčerpaly z výnosů mýtného polovinu. Zpráva sice odpovídá skutečnosti, ale chybí upřesnění, které by objasnilo důvody tak vysoké nákladovosti.

Nejprve musím dodat, že KSČM od počátku nepodporovala výběr systému, který nakonec firma Kapsch na českých dálnicích realizovala. Rozhodlo tak ministerstvo dopravy ještě za vlády ČSSD, KDU-ČSL a Unie Svobody v roce 2005. Poslanecký klub KSČM doporučoval využít zkušenosti Německa, které v té době připravovalo svůj mýtný systém založený na sledování pomocí satelitní technologie, případně systém, který se velmi osvědčil ve Švýcarsku. Rozhodnutí však bylo v pravomoci tehdejšího ministra dopravy a vlády. Protože se předpokládaly poměrně vysoké náklady na vybudování mýtného systému dle projektu firmy Kapsch, rozhodlo se ministerstvo dopravy, že se projekt uskuteční jako PPP s tím, že vybudování a provoz systému se v prvních letech uhradí z výnosů. A tady je čertovo kopýtko zprávy NKÚ, podle které náklady za prvních pět let dosáhly poloviny výnosů. Další přidala na návrh Nečasovy vlády i Poslanecká sněmovna (poslanecký klub KSČM s tímto návrhem nesouhlasil), a to snížením mýtného pro vozidla s emisní normou Euro 5. Tento krok přispěl k obnově vozového parku, kdy auta s vyššími emisemi nahradila ta s emisemi nižšími. Je třeba si ale uvědomit, že i vozidla s nižšími emisemi opotřebovávají a poškozují vozovku stejnou měrou jako vozidla s emisní normou nižší než Euro 5. Tento zásah samozřejmě snížil příjmy mýtného do rozpočtu Státního fondu dopravní infrastruktury.

Náklady na provoz mýtného systému se od roku 2007 do roku 2012 pohybovaly od 16,8 procenta v roce 2007 přes 24,8 procenta v roce 2010, aby se do roku 2012 snížily na 20,5 procenta. Skutečné náklady se tedy pohybují průměrně okolo 20 procent, zbytek tvoří náklady na splácení systému. Je zapotřebí připomenout, že náklady na chod švýcarského systému mýtného se pohybují mezi šesti až osmi procenty a německý systém vykazuje náklady na provoz ve výši zhruba 15 procent. Mýtný systém v Česku je tedy v porovnání s uvedenými, a to i po odečtení nákladů na jeho splácení, výrazně dražší. Jeho úspěšnost se ale pohybuje okolo 99,5 procenta a je reálná možnost přestoupit na systém hybridní, tj. společně se systémem satelitním, a to je velký příslib do budoucnosti.